Pre úspešné zaúčtovanie je nutné najskôr v denníku založiť interné dokladové rady pre účtovanie skladu. Podľa potrieb je možné založiť zvlášť rady pre príjem a výdaj zo skladu.
Pri vstupe do ponuky "Účtovanie skladu" v module "Kontroly, účtovanie, inventúra" sa ponúkajú 2 možnosti účtovania:
1. Účtovanie vybraného mesiaca (s náhľadom pred účtovaním)
Po zvolení tejto možnosti sa ponúkne voľba mesiaca, pre ktorý budú dáta spracovávané. Ďalej sa ponúkne výber možností, kde je možné zvoliť "sumarizáciu" pre účtovanie podľa dňa, dokladu, mesiaca a partnera alebo bez sumarizácie. Odporúča sa varianta mesiac, z dôvodu menšieho nárastu údajov v účtovnom denníku. Samozrejme je nutné tiež zvoliť internú dokladovú radu denníku, do ktorej budú prírastky a úbytky zaúčtované.
V okne sa nachádza tlačidlo "Preskúšať" pre skontrolovanie, resp. opravu účtovných predpisov v príjemkách/výdajkách v prípade, že tieto predpisy boli napr. chybne nastavené v zozname skladov, sortimentu a boli spätne zmenené. Táto funkcia doplní do už vytvorených pohybov (príjemky, výdajky) predkontácie podľa aktuálneho nastavenia.
Voľbou "Zaúčtovať" sa položky presunú do účtovníctva, kde ich užívateľ môže v prípade potreby upraviť. Pokiaľ sa uskutočnia úpravy v sklade po zaúčtovaní, nie je potrebné nič vymazávať, len sa znova zaúčtuje, pričom program premaže novými údajmi staré účtovanie v príslušnom mesiaci.